FreeSurfer批处理
一个串行（顺序执行）的安全版脚本，功能： ✅ 自动遍历 T1/编号/*.nii.gz ✅ 自动设置 subject_id ✅ 跳过已处理过的 subject（避免重复） ✅ 每个 subject 单独日志 ✅ 报错记录到 failed_subjects.txt ✅ 安全稳定的串行脚本（推荐）保存为 recon_all_serial.sh： 12345678910111213141516171
SynthStrip 颅骨剥离
Deepbet颅骨剥离Deepbet 是基于神经网络的大脑提取工具，在提取健康成年人 T1 weighted的大脑方面取得了最好的结果，每张图像大约需要 1 秒 安装SynthStrip（推荐Python环境） 1pip install deepbrain 运行skull stripping 1synthstrip -i output_N4.nii.gz -o brain.nii.gz Pyt
MRI的N4偏场校正
N4BiasFieldCorrection: MRI的N4偏场校正N4偏置场的定义和产生原因 MR scans often display intensity non-uniformities due to variations in the magnetic field. So, one part of an image might appear lighter or darker when
Microglial-expressed genetic risk variants, cognitive function and brain volume in patients with schizophrenia and healthy controls
作者看这篇文章最开始是因为这篇文章使用到了UKB数据库，想调研一下其他大佬如何使用该数据库。而如今作者在MCCAR+jICA的过程中，发现先前选用的IL-6炎症因子在大脑特征排除协变量后，无法找到与之相关的大脑模态，从而进行转向。这篇文章中使用了小胶质细胞的多基因风险评分，所以作者像将其作为多模态融合的参考监督值。现在开始介绍这篇文章：《Microglial-expressed genetic r
抑郁症与大脑皮层下结构体积之间的共同遗传基础
研究小组师姐推荐了一篇文献，我进行了学习并且将其与目前工作进行结合联系。文献标题为：《Investigating the shared genetic architecture between depression and subcortical volumes》，探索抑郁症与大脑皮层下结构体积之间的共同遗传基础,文章发表在NC上，发表时间为02 September 2024； 标题和作者信息如
UKB数据库介绍
最近实验室主任听说复旦的某位老师依靠UKB数据库发表了很多大期刊，于是对该数据库表现出极大的兴趣，而我们小组依靠实验室资金已将数据库购入使用，所以要求我们向他汇报一下数据库详细情况以及数据构成。现通过互联网资料、个人使用经历，经Gemini整理，初步发布如下： UK Biobank：数据类型、研究应用与展望I. UK Biobank简介A. UK Biobank是什么？（使命、规模、目标）UK B
精神分裂症多基因风险相关多模态MRI额颞叶网络的推导和应用
这篇论文是我目前在做的工作的参考，因为我近来在用另一批数据套用这篇文章的方法，思路以及算法有些模糊了，所以重新整理一下。文章发表在Nature Communication，原标题为《Derivation and utility of schizophrenia polygenic risk associated multimodal MRI frontotemporal network》,发表时