FreeSurfer批处理

一个串行（顺序执行）的安全版脚本，功能：

• ✅ 自动遍历 T1/编号/*.nii.gz
• ✅ 自动设置 subject_id
• ✅ 跳过已处理过的 subject（避免重复）
• ✅ 每个 subject 单独日志
• ✅ 报错记录到 failed_subjects.txt

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✅ 安全稳定的串行脚本（推荐）

保存为 recon_all_serial.sh：

#!/bin/bash

# 设置 FreeSurfer 输出路径
export SUBJECTS_DIR=$PWD/freesurfer_output
mkdir -p "$SUBJECTS_DIR"
mkdir -p logs  # 存放日志文件

# 清空旧的错误记录
> logs/failed_subjects.txt

# 遍历所有 NIfTI 文件
for nii_file in T1/*/*.nii.gz; do
    subject_id=$(basename $(dirname "$nii_file"))
    log_file="logs/${subject_id}.log"

    # 如果已经处理过则跳过
    if [ -e "$SUBJECTS_DIR/$subject_id/mri/brain.mgz" ]; then
        echo "$subject_id 已完成，跳过" | tee -a "$log_file"
        continue
    fi

    echo "开始处理 $subject_id..." | tee "$log_file"
    
    # 执行 recon-all，日志写入文件
    recon-all -i "$nii_file" -s "$subject_id" -all >> "$log_file" 2>&1

    # 检查是否处理成功（brain.mgz 是否存在）
    if [ -e "$SUBJECTS_DIR/$subject_id/mri/brain.mgz" ]; then
        echo "✅ $subject_id 完成" | tee -a "$log_file"
    else
        echo "❌ $subject_id 失败" | tee -a "$log_file"
        echo "$subject_id" >> logs/failed_subjects.txt
    fi
done

echo "✅ 所有任务已完成，请检查 logs/failed_subjects.txt 是否有失败样本。"

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📂 目录结构建议：

your_project/
├── T1/
│   ├── 40000/
│   │   └── xxx.nii.gz
│   ├── 40001/
│   │   └── yyy.nii.gz
├── recon_all_serial.sh
├── logs/
│   ├── 40000.log
│   ├── 40001.log
│   └── failed_subjects.txt
├── freesurfer_output/ （自动创建）

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✅ 使用方法：

sodu chmod +x recon_all_serial.sh
./recon_all_serial.sh

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